Allora, io sul mio winXP / Firefox 1.5 non vedo caratteri strani alla fine delle tue righe.

Quindi ti dò dritte un po' a caso...

Allora prima di tutto fai un trim() qui:

Codice PHP:
 fputs ($file, trim($valore)); 
E facci sapere. Se il "carattere strano" non è tanto strano, tipo una tabulazione verticale (una volta mi è capitato!!) usa uno str_replace(codice ascii della tabulazione verticale - che non ricordo..,"",$valore);

Stesso dicasi per altri caratteri speciali; al limite apri il tuo output con un editor binario e dagli un occhio.

Se non ne vieni fuori, fai un

Codice PHP:
 fputs ($file, substr($valore,0,strlen($valore)-1)); 
oppure

Codice PHP:
 fputs ($file, substr($valore,0,strlen($valore)-2..fino a...-10)); 
etc a seconda di che ti esce, avendo cura di rimettere i \r\n se sono stati eliminati
e te la cavi