In formato binario o meno non importa, ma, sì, intendevo questo.
Su MySQL salvi il file di testo in un campo BLOB e poi lo estrai esattamente come faresti con tutti gli altri tipi di campi.

Al limite, se ti si presentassero problemi, crei prima un file temporaneo .php in cui inserisci ciò che hai estratto dal db e includi quest'ultimo.