Se ho capito bene, gli array dovrebbero rappresentare importi ordinati per cliente.
In questo caso, una soluzione potrebbe essere:

codice:
clienti[max] = array dei codici cliente (come std::string?) ordinati
importi[max] = array dei corrispondenti importi
std::map<std::string, int> importiTot; //tabella hash clienti-importi tot.
for(int i = 0; i < max; i++)
{
    //clienti[i] è il nome dell'i-esimo cliente in lista
    if(clienti[i] non è in importiComplessivi)
    {
        //crea nuova voce in tabella, e associale l'importo
        importiTot[clienti[i]] = importi[i];
    }
    else
    {
        //cliente "i" già in tabella: incrementa importo
        importiTot[clienti[i]] += importi[i];
    }
}
Alla fine, ad esempio, in clienti["01"] ci sarà l'importo totale del cliente con codice 01.
Almeno credo...