Per il cambio motore... backup delle innoDB, cambio del motore con phpmyadmin, backup delle myisam. Poi porti i backup che ti pare e dove vuoi.

Per l'aggiornamento del php se hai l'avvertenza di mettere due righe nella configurazone di apache, non devi piu' spostare nulla. Lasci in \php le dll e il php.ini.