inserisci nella direttiva @page

<%@ Page Language="C#" ContentType="text/html" ResponseEncoding="iso-8859-1" src="tuofile.cs" Inherits="tuonamespace.tuaclasse"%>

Attenzione che se usi i template con dreamweaver mx 2004, ogni volta che aggiorni i templates, dreamweaver riscrive questa riga togliendo i riferimenti al file di codice e alla classe da usare. Se puoi passa a dreamweaver 8 che non ha questo bug