Leggo solo ora questo thread.....

per prima cosa .... le versioni di mysql 4.0 e 4.1 sono di parecchio differenti, anche nella struttura di alcune tabelle.

Mentre si puo' passare da 4.0 a 4.1 (upgrading) copiando i file delle tabelle MyISAM non e' detto invece si possa fare tranquillamente il contrario (downgrading).

Con phpmyadmin ultime versioni (meglio la 2.6.4-pl4 della 7.0.x) nell'eseguire il backup si trova una casella di compatibilita' da settare a seconda di quale versione di MySQL o RDBMS si presume verra' fatto il RESTORE (proprio a causa della differenza detta prima).

Le tabelle InnoDB NON si possono assolutamente esportare copiando i file, ma solo ed esclusivamente facendo il backup-restore.

Se poi mi viene in mente qualcosa d'altro lo dico....

@[edit]

1) ah! occhio al charset usato dal OS....

2) meglio usare Mysql administrator per i backup/restore