Un ciclo di quel tipo non puo` funzionare: dopo aver cancellato la prima option, i numeri vengono riassegnati, quindi la cosa diventa complessa.
Puoi invece partire dalla fine e andare indietro.

PS: non capisco la sintassi che usi - la riscrivo con una sintassi che conosco.
codice:
function clearOption(da) {
  var sel = document.forms['test'].destinazione;
  for(var i=sel.length-1; i>=da; i--) {
    sel.options[i] = null;
  } 
}

oppure con il ++ (ma non sono sicuro che sia corretto):

function clearOption(da) {
  var sel = document.forms['test'].destinazione;
  for(var i=da; i<sel.length; i++) {
    sel.options[1] = null;
  } 
}