I contatori gratuiti sono quasi sempre basati su javascript per cui come prima cosa se il visitatore non ha javascript abilitato non viene conteggiato l'accesso.
Un altro motivo della discrepanza può essere il pentimento del visitatore che dopo aver cliccato il link a pagamento interrompe la normale navigazione subito prima dell'apertura della tua pagina (chiudendo il browser, cliccando su stop o su back).
Considera anche se il tuo server è lento. Se spazientisci il visitatore facendogli attendere il raggiungimento del server lui si stufa e se ne va.