Ci sono tre tipi di liste in (X)HTML:
<dl> liste di definizione
<ul> liste non ordinate
[list=1] liste ordinate

<ul> e [list=1] accettano all'interno il tag[*]
<dl> accetta all'interno i tag <dt> (termine da definire) e <dd> (descrizione di definizione)


Per il problema originario, non saprei dirti.
E non dici in quale browser vedi il problema.

In linea di massima, i padding sarebbero da evitare, se possibile (sono interpretati in modo diverso nei vari browser), mentre i margin sono piu` sicuri.