Premesso che è da tempo che non rileggo il regolamento di Adsense, a buon senso non dovrebbe essere irregolare mettere il suo codice su un file incluso server side.

Non dovendo il browser far nulla e ricevendo direttamente l'html da interpretare, non dovrebbero esservi problemi.

Ben diverso, naturalmente, sarebbe se lo script server side inviasse pagine diverse in funzione del visitatore (cioè, fa cloaking). In quel caso il circuito AdSense potrebbe pensare che stai barando, ed allora sì, che saresti nell'illecito. Ma non credo che sia quello che stai pensando di far tu, dalla domanda che hai posto.