Le estenSioni in sé non significano niente, sono solo abitudini. Un file php lo puoi chiamare anche con estensione .paperino, l'importante è che il server web sia configurato per riconoscere l'estensione e chiamare php quando la trova.
Di solito si usava l'estensione .php3 per php3 e .php per php4. L'estensione .php4 l'ho vista usare pochissimo.