beh ... molto semplicemente fai una cosa di questo tipo

- il cliente preme aggiorna sito
- invii una richiesta di inizio upload (il software svuota delle tabella alternative dove mette temporaneamente i dati)
- invii le varie richieste, una per una
- invii un'avviso di operazione eseguita (il software si occupa quindi di svuotare le tabelle di destinazione dei dati e di eseguire una query tipo INSERT INTO ... SELECT se è supportata dal database oppure fai prima una select selezionando tutto e poi vai facendo gli insert)

il sito sta down meno tempo possibile e se l'operazione di upload fallisce non si scassa nulla

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la connessione è sempre una ... tu esegui una richiesta per volta

il sistema ovviamente non va bene nel caso ci siano TANTI dati (parlo di migliaia di prodotti)

in questo caso devi impacchettare tutto come XML ad esempio e invii tutti i dati