I soliti: fopen e fread.... normali operazione di lettura file binari. Metti tutto in una stringa e poi lo carichi sul database facendo attenzione a utilizzare addslashes sul campo.

Il ciclo for ti serve per la pagina che visualizza i LINK non per quello che visualizza il pdf.
Il ciclo con cui stampi i link invece lo fai con il for each su ogni record estratto dal database.... non ti serve nient'altro.