principalmente le innodb hanno supporto transazionale e lock a livello di riga, myisam non hanno supporto transazionale e lock solo a livello di tabella.

Una volta che provi le innodb, difficilmente torni indietro, a meno che tu non abbia necessità di ricerca fullindex (supportata solo da myisam) o hai una tabella in sola lettura i cui dati sono scarsamente importanti.