Ho fatto ulteriori verifiche sempre con IE6 è posso confermarti che lo stesso oggetto si scarica in un tempo molto inferiore se metto il tag <embed> (è come se IE ci pensa su un po').
La cosa curiosa è che "ci pensa su" anche se l'swf è già in cache mentre in presenza del tag <embed> è un fulmine !
Sto cominciando a pensare che forse mi conviene tenere l'<embed> e non validate la pagina.
Saluti