Per il problema della x fino a caricamento del movie, sono a conoscenza del problema con IE, ma puoi risolverlo inserendo nel codice di ieri un movie vuoto (dunque peso 0) e far caricare a questo il movie con il relativo preload e resto.
Concordo ma aggiungo: la validazione è una traccia di riferimento. Utile, interessante e doverosa, ma un sito è certamente qualcosa di più di un codice conforme. Se il Flash è vitale per il sito (un menu, un contenuto), lascia il tag embed.
Non sarebbe la prima volta che IE, a sua discrezione, mi lascia il quadrato bianco. Una volta si e una no.

(per una prova:
http://homepage.mac.com/matteo.discardi/port012.html)

La menata della mancata approvazione di quel tag è una menata del consorzio. Una volta tanto potevano facilitare la vita a noi sviluppatori.