Non puoi saperlo.
Il tempo di permanenza su un sito può essere però agevolmente dedotto dal raw-log-file (il file d'accesso di apache).

Prendi un ip che fa questo percorso:

pagina1.php - 00.00
pagina2.php - 00.15
pagina3.php - 00.21
pagina4.php - 00.23

se un ip visita la prima pagina alle 00.00 e l'ultima alle 00.23 stimando che in 23 minuti si è letto le prime 3 pagine per leggere la quarta dovrebbe presumibilmente averci messo la media:

23 minuti / 3 pagine * 4 pagine = 30 minuti di permanenza sul sito (stimati) di cui 23 certi.

per fare una cosa del genere puoi utilizzare un controllo COOKIES/IP e devi loggare ogni visita su ogni pagina del sito di tutti i tuoi visitatori (e quindi clonare la funzione di rawlogfile di apache).


Con un semplice contatore non puoi fare questa cosa... ti serve costruirti uno strumento di diagnostica più soffisticato.