E' una cosa un pò strana..Cmq hai detto che non accade a tutti i controlli: quelli senza il ToolTipText sono tutti di una stessa specie? (es. textbox) Oppure sono misti (textbox, command ecc..).
In ogni caso riprova il programma da visual basic e, una volta assicurato che durante il debugging tutto funziona correttamente, riprova con l'installazione..

ciao