allora ... ci sono svariate modalità

ho dovuto sviluppare più di una soluzione che prevedesse questo tipo di operazioni con tanto di software di scansione

tutto dipende se ti serve o meno che l'applicativo funzioni solo in lan o non!

Se ti serve che funzioni solo in lan l'applicativo di scansione che deve essere scritto può essere "attivato" e quindi poi comunicare con php tramite l'utilizzo delle socket ... sistema efficace, veloce, funzionale che ti permette di dare un feedback immediato all'utente sull'operazione che è in corso (basta giocare leggermente con dhtml e usare www.php.net/flush nulla di che)

altrimenti, l'unica altra alternativa è quella, per l'appunto, di usare java per avviare il programma ... il problema che dare un feedback via web non è più cosi tanto fattibile!