Cerco di rispondere punto per punto a tutte le domande:

Come ha fatto a zoomare senza che i vari "pezzi" se ne andassero pe i fatti loro?
Si usano i MovieClip, ne avrai sentito parlare un sacco qui sul forum.
All'interno di un MovieClip puoi realizzare un'animazione finita, poi puoi usare questo MovieClip come un unico oggetto sulla scena di Flash: muoverlo, ruotarlo, ridimensionarlo senza rovinare il contenuto.
Inoltre ne puoi posizionare più d'uno su livelli separati per creare delle trasparenze e degli effetti particolari (come nella scena dell'abbraccio con Sakura)

Sono necessari script per realizzare un filmato come quello?
Per il filmato in questione non sono stati utilizzati script, solo un uso sapiente di simboli e istanze.
Un uso di script c'è ma è minimo e serve solo a saltare da una scena all'altra (gotoAndPlay).
La persona che ha realizzato il filmato deve essere un esperto di animazioni, si capisce dalla scelta delle scene, dal montaggio e dall'uso molto buono della colonna sonora.
Una volta realizzato uno storyboard è solo questione di pazienza, e di tempo per mettere a posto tutti gli "attori" e realizzare le varie scene.

Come ha fatto ad avere immagini più grandi dello stage?
Non ci sono limiti, se non la memoria del computer per la grandezza delle immagini che puoi importare dentro Flash.
Fai una prova:
1. Crea un'immagine di 500x500 pixel con un programma qualunque (Photoshop, ImageReady, Paint Shop, ecc...)
2. Salva l'immagine.
3. Crea un filmato Flash di 200x200 pixel
4. Importa l'immagine che hai creato prima.

Vedrai che l'immagine occuperà uno spazio maggiore di quello dello stage, ma che la puoi spostare come vuoi.

Un ultimo consiglio....
Quella che abbiamo visto e analizzato è una bellissima animazione, prima di provare a realizzare una cosa simile prova ad animare scene più brevi e con meno personaggi, dopo che avrai preso dimestichezza e ti sentirai sicuro con tutti gli strumenti del programma puoi provare a realizzare capolavori.