Io le tengo dentro e devo dire che anche se il db ha dimensioni maggiori, non ho notato abbassamenti di prestazioni.

Pro:
- con un mysqldump ho in un unico file tutto il backup, comprese le foto
- non ci sono i problemi dei permessi delle cartelle di salvataggio dei file

Contro:
- la dimensione del mysqldump è maggiore.
- gli script all'inizio sono un po' più complessi

Io personalmente faccio dei mysqldump remoti giornalieri automatici escludendo le tabelle delle immagini per allegerire il trasferimento, mentre il backup di tutto lo faccio solo mensilmente.