Sì, esatto! Oggi m'è capitato di nuovo, ho dato un `sudo killall updatedb` e la situazione e tornata alla normalità.
Il fatto strano è che prima avevo dato il `top -d 1` e come le altre volte sembrava tutto normale, lo stesso updatedb era 'quotato' al massimo al 6%... e spesso sopra di lui c'era Xorg... mah