dovrebbe essere il contrario, visto che le insert e le update su myIsam bloccano tutta la tabella, mentre su innoDB solo le righe interessate.

InnoDB necessita di più risorse, controlla di aver dato abbastanza risorse per gestire i vari log.

Se invece parli di insert e update inserite all'interno di transazioni, è normale avere un po' di rallentamento, dovuto all'overhead delle transazioni (a fronte di enormi vantaggi, ovvio).