i motori di ricerca molto probabilmente tirano dritto appena trovano codice criptato, in quanto non lo sanno indicizzare.
poi a dir il vero esistono anche programmi che criptano anche i linguaggi lato server, come il php; Gabriele Farina ne parla [urlhttp://blog.html.it/archivi/2005/09/27/criptare-o-non-criptare.php]qui[/url], e questo ai motori di ricerca non fa un baffo, in quanto le istruzioni in php google non le considera proprio perchè lato server.