Direi proprio di si in quanto il server sia MySQL o Apache occupano una porta (di solito la 80 per Apache) quindi devi scegliere quale usare, poi per i servizi potresti provare a fermare quello che non ti serve e ripetere l'installazione.
Comunque meglio avere solo 1 programma di questo genere per evitare conflitti.
Ho avuto anche io lo stesso problema e ho dovuto scegliere.