Fammi indovinare: in notepad vedi un quadratino invece che l'acapo. Se è questo il tuo caso... non so se sia risolvibile (con \r\n)... è semplicemente un problema di notepad. L'acapo c'è ed è interpretato correttamente (te ne sarai accorto ricaricando il file nella JTA)... comunque, per fare una prova, se apri lo stesso file con WordPad, troverai gli acapo che cerchi.

Se invece il problema non era questo, argomenta un po' di più