poi ho il problema di far vedere a win98 la prima partizione come disco D: (e qui credo sia il difficile, se non l'impossibile).
esatto

il mio obbiettivo è un dual boot win98/win2000 dove ogni SO vede se stesso sul disco C
E' im - pos - si - bi - le .
Se i sistemi sono su un unico disco partizionato non puoi fargli intendere di stare su C o su D alternativamente.
Se i sistemi sono installati su due dischi fisici diversi, dovresti nascondere il disco che non deve bootare settando da bios.
Se ci riesci, senza dover impostare manualmente ogni volta, pago da bere a tutta Roma