style.color vede solo l'attributo style e non guarda gli stili definiti da una classe, per questo motivo la prima volta non cambia il colore.
Ho provato la tua funzione ma non mi funziona. Prova con una cosa del genere:
codice:
function changeColor(el,cs){
	var elm = document.getElementsByTagName(el)
	var i=-1

while(elm[++i])
	if (elm[i].className==cs)
	elm[i].style.color=(elm[i].style.color=='' || elm[i].style.color=='#000' || elm[i].style.color=='rgb(0, 0, 0)')?'#F90':'#000'
}