Il problema è l'impostazione COLLATION la collation utilizza caratteri charset che cambiano a seconda delle impostazioni.
Io ad esempio avevo dei testi crittati con AES_ENCODE e alterati dalla collation diventavano illeggibili nel cambio da 4.0 al 4.1.
Ho risolto trasformando tutti i campi di testo in BLOB, così vengono importati correttamente.
Poi magari proverei a cambiare il campo (ALTER TABLE) nuovamente in un campo testo per cercare di ottenere i caratteri corretti senza distorsioni.
L'unica procedura che ti possa dare certezza del risultato è azzeccare da principio il charset giusto. (che evidentemente non è quello preimpostato).
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