Premessa:
nei radio una ed una sola opzione deve essere selezionata.
I browser permettono di presentare una pagina (in cui l'utente non ha ancora agito) con tutti i radio deselezionati, ma questo e` una estensione del codice ed una situazione non replicabile via JS (in linea di massima).

L'argomento si puo` affrontare in due modi, ma dalla tua descrizione non si capisce quale e` meglio nel tuo caso:
- visualizzare solo i radio pertinenti
- visualizzarli sempre tutti e disabilitare gli altri

Il primo caso e` il piu` semplice:
si inserisce ogni serie di radio in uno specifico div, che viene visualizzato solo se pertinente:

<input type="radio" name="princ" value="scelta1" onclick="mostra(1);" />scelta1

<input type="radio" name="princ" value="scelta2" onclick="mostra(2);" />scelta2

...

<div id="bloccoScelta1">
<input type="radio" ...>scelta1_1
<input type="radio" ...>scelta1_2
...
</div>
<div id="bloccoScelta2">
<input type="radio" ...>scelta2_1
<input type="radio" ...>scelta2_2
...
</div>

Il JS:
codice:
function mostra(ide) {
  for(var i=1; i<=MAX; i++) {
    document.getElementById('bloccoScelta'+i).style.display = 'none';
  }
  document.getElementById('bloccoScelta'+i).style.display = 'block';
}
Nel tuo caso MAX vale 3.