La cosa è abbastanza semplice (NetBeans non c'entra nulla).
Apri il blocco note (o un editor a caso).
Scrivici dentro queste pochissime righe:
codice:
Manifest-Version: 1.0
Created-By: 1.4.2_08 (Sun Microsystems Inc.)
Main-Class: percorso\alla\classe\da\avviare\NomeClasse
(ps: il percorso alla classe è relativo alla directory radice della tua applicazione)

Salva il file dove vuoi (non nella directory della tua applicazione o una sua sottodirectory) con nome MANIFEST.MF. Ad esempio: C:\MANIFEST.MF

Vai al prompt.
Ti posizioni all'interno della directory radice della tua applicazione. Esempio:
codice:
C:\
|
+--- Radice
|    |
|    +--- Prima Sottodirectory
|    +--- Seconda Sottodirectory
|    +--- ...
|    +--- PrimoFile (se esiste)
|    +--- ...

> CD \Radice
Ora esegui il comando JAR in questo modo:
codice:
> jar cvfm NomeDaAssegnareAlJar.jar C:\MANIFEST.MF .
Attenzione: il punto messo alla fine del comando è necessario per dire al comando JAR che si tratta di una directory e quindi va elaborata ricorsivamente.

A questo punto, nella directory dove ti trovi (C:\Radice) avrai il tuo bel file JAR.


Ciao.