perchè ogni volta che clicchi (onclick) non fia altro che settare a checked. dovresti controllare se è checked e quindi disattivarlo oppure settarlo a checked.

una cosa tipo
codice:
if (document.getElementById("riconciliata").checked == true) {
  document.getElementById("riconciliata").checked = false;
} else {
  document.getElementById("riconciliata").checked = true;
}