Quando sputtanai il mio primo HD e decisi di comprarne uno nuovo, intallai windows su quello, lo misi come master e il vecchio HD come slave. Copiare la cartella documenti e i pochi altri file non fu un grosso problema (salvo qualcosa di danneggiato). Il panorama tuo è diverso, ma magari un secondo hd da cui fare il boot potrebbe essere una rapida soluzione.