ti restituisce 1 perché 1 è effettivemente la lunghezza del campo...

per contare quanti sono fai prima un explode e poi conta gli elementi del risultato:

codice:
$num=explode(",",$colonne);
echo count($num);









p.s. vedi la funzione explode sul manuale se non ti è chiara: http://it2.php.net/manual/it/function.explode.php