metti i due,o più, id in un array e poi cicli l'array facendo gli inserimenti:

codice:
$id_profs=explode("-",$id_professore);
foreach($id_profs as $key=>$value){
  $sql = "INSERT INTO `discipline` (`id`, `disciplina`, `modulo`, `id_professore`, `data`) VALUES ('', '{$disciplina}', '{$modulo}', '{$value}', NOW())";
  mysql_query($sql)or die(mysql_error());
}