puoi farlo con le funzioni GD

Copy part of an image (PHP 3 >= 3.0.6, PHP 4, PHP 5)

bool imagecopy ( resource dst_im, resource src_im, int dst_x, int dst_y, int src_x, int src_y, int src_w, int src_h )


Crei un'immagine PNG trasparente che contiene il tuo logo, apri l'immagine su cui vuoi mettere il logo, apri il logo, lo copi sopra l'immagine originale con la funzione imagecopy(); e poi restituisci il risultato.