il problema non è il confirm ma come ti riferisci al radio
codice:
var ss = (form1.scelta[0].checked)?form1.scelta[0].value:form1.scelta[1].value
if (confirm("Sei sicuro di voler cancellare?")){ 
  if (ss == "bonifico"){ 
    form1.action="ok_conferma_bonifico.asp"; 
    form1.submit() 
  } else if (ss == "carta"){ 
    form1.action="ok_conferma_carta.asp"; 
    form1.submit() 
  } 
}