Devi creare un demone che simuli un client di posta, collegandosi quindi in POP3 al server di posta e scaricando le mail a cadenze prefissate.

Il "client" POP è fattibilissimo in PHP (sono circa 10 righe di codice...), il vero problema è che - non girando su LINUX - non puoi usare CRON, ma solamente "Operazioni Pianificate" per lanciare tale script PHP e simulare tale demone.

Per queste motivazioni è meglio un eseguibile standalone che magari si avii come servizio.

Nel caso invece, come dici tu, che l'utente voglia salvare le mail in arrivo in base a criteri suoi, logici, non è possibile automatizzare nulla. A meno che l'oggetto o parte del testo sia "algoritmicizzabile". Non trovi?

Ciao.