Il "formato" EML è semplicemente lo standard MIME per le mail.

Salva una mail da Outlook (la trascini sul desktop ad esempio), la apri col Notepad e vedi come è fatta "internamente" una mail MIME (o informalmente .eml appunto).

Per prova, fai un telnet al tuo email server alla porta 110.

Da Shell scrivi Telent <indirizzo_pop3server> 110 [invio]
Ad esempio: telnet pop.tiscali.it 110
Poi scrivi:

USR <tuo login> [invio]
PASS <tua_pass> [invio]

se hai mail scrivi:
RETR 1

di lì vedi cosa effettivamente il mailserver spedisce al tuo client di posta (o cosa i server si spediscono tra loro fino a che non trovino un utente accreditato di una casella di posta sul server destinazione).

Essì, è proprio la stessa cosa che hai visto aprendo la mail in formato testo (!)

Et voilà, questo è tutto ciò che devi emulare in PHP per ottenere una MIME mail, "payload" del protocollo POP.