Prova così..

Codice PHP:
echo '<a href="../path/to/file/file.php?sel='.$result["valore"] .'" onclick="Popup=window.open(\'../path/to/file/file.php?sel='.$result["valore"].'\',\'Popup\',\'toolbar=no,location=no,status=no,menubar=no,scrollbars=no,resizable=yes,width=500,height=500\'); return false;">'; 
Accidenti.. non posso postarti il codice, perchè in qualsiasi modo mi vengono eliminate le slash!

Eccoti una screenshot: