Devi controllare la home del guestbook e vedere se, per caso, trovi un codice javascript "indesiderato" che non ricordi c'era prima o che tu non hai messo. Ti consiglierei un metodo più veloce (se lo script lo permette): esegui il backup e re-inserisci lo script "pulito", così dopo puoi riavere facilmente il tuo guestbook con i suoi messaggi.
P.S se esiste una nuova versione di quel guestbook aggiornala, o disabilita nell'invio di messaggi, la possibilità di inserire codice javascript come:
o format di questo tipo.codice:<script>codice</script>