Quasi tutte le domande si riferiscono al box-model (vedi la relativa sezione nei tutorial).

Anzitutto devi essere cosciente che il box-model di IE e` diverso da quello del W3C e di tutti gli altri browser.

Per il W3C la larghezza di un box e` data da:
margin + border + padding + width + padding + border + margin
Se usi percentruali, queste si riferiscono alla larghezza del blocco che contiene quello in questione.
Quindi due blocchi larghi 50% non ci stanno, a meno che margini, padding e bordi non siano messi a zero.

Per l'ultima domanda, potrebbe essere un bug del tuo browser. Prova con un altro browser.