per me ti conviene farle in una sola volta perchč facendole in due distunti momenti devi connetterti al db 2 volte e quindi perdere tempo.
Tra l'altro potresti anche usare la sintassi:

update utenti,altra_tabella set utenti.indice=indice_voti+1,altra_tabella.fl=1 where utenti.id=$id and altra_tabella.id = $id