Al momento della registrazione, potresti crearti una chiave (KEY) univoca e casuale (con il metodo che vuoi), salvarla nel db e quindi inviare all'utente la mail con nel corpo del messaggio un link del tipo:
---> Corpo Email
Per completare la registrazione clicca su:
http://www.TuoSiTo.it/confirm.php?cod=KEY&user=Ciccio
-->

in questa pagina confronti i due valori, se sono uguali allora dai i permessi all'utente (settati nel db magari) per poter accedere alla sezione privata. Difatti potresti impedire l'accesso all'area privata finchè l'utente non conferma la registrazione, in questo modo l'utente deve per forza darti un indirizzo e-mail valido (dopo, che questo esista sempre o fosse stato un alias con mille foward per registrarsi solamente, questo è un altro paio di maniche).

La mia è solo un'idea, non l'ho mai implementata, forse ce ne sono altre molto più efficienti...xò ora mi viene in mente solo questa