magari col buon vecchio Linux un bel comando a2ps sulla directory dove hai le pagine html passandogli la lista delle pagine che vuoi stampare.

Cmq non mi sembra che su Eclipse(ora su Windows non ho in mano l'utlima versione, la 3.1.1, ma sto usando la 3.0.1) ci sia un opzione per fare una pagina unica o qualcosa del genere.
Potresti provare a smanettare sulle opzioni della export in javadoc, ma non penso che tu possa arrivare a quello che vuoi veramente