qui si parla di mysql e php.
mysql sicuramente non è il più sicuro e performante ma è il più utilizzato sul web.
Inoltre ti conviene verificare se la versione da te installata ha dei problemi. Voglio solo ricordarti che oggi siamo alla versione 5 quindi mi è facile pensare che la versione 3 sicuramente ha dei problemi di sicurezza che con il tempo si sono risolti.
Per esperienza dico che più aggiornati si è sulle versioni e più sicure sono le distribuzioni.