Ciao.
La cosa + semplice che potresti fare è la seguente:
codice:
String theXml = "<root><main>Title</main></root>";
        Document XMLDoc = DocumentBuilderFactory.newInstance().newDocumentBuilder().parse(new ByteArrayInputStream(theXml.getBytes()), "ISO-8859-15");
Dove ISO-8859-15 è il tipo di codifica che si vuole applicare (se null mi sembra di default prenda UTF-8 che non supporta caratteri speciali).
Ciao.