personalmente scarterei l'idea della tabella per ogni singolo utente perché è ingestibile ... (immaginati in PhpMyAdmin con 1000 tabelle nel frame a sinistra).

Ti posso al limite proporre quello che un webmail faceva: una tabella per ogni lettera dell'alfabeto per salvare i contatti degli utenti, così limiti il numero di tabelle e non hai una sola grossa tabella.

Per le prestazioni penso che dipende molto da cosa vuoi fare poi con i dati, chiaro che se fai molti SELECT * FROM tabella; è meglio avere delle tabelle piccole.