Azz, pensavo che avessi capito da te avendoti posto il problema in maniera differente

Comunque se ho capito bene dovresti fare

mcArr = new array(1,4,2,5,3) // questa te la fai random ma non è un problema se ho capito bene

poi fai
codice:
mcRisPosYsh = new Array() //nuova array che sarà quella che ti serve shufflata

for (i=0;i<mcArr.length;i++){
  indice=mcArr[i]
  mcRisPosYsh.push(mcRisPosY[indice])
}
Dico una vaccata?