codice:
$data = '05-03-2006';
$data_mysql = preg_replace( '#([\d]{2})-([\d]{2})-([\d]{4})#', '\\3-\\2-\\1', $data );
echo $data_mysql;


se usi mySQL >= 4.1 puoi usare direttamente la funzione STR_TO_DATE:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/...functions.html